Sungai Arau Karupuk berpunca di kawasan perhutanan di Hutan Simpan Mukah Hills dalam Daerah Selangau, Sarawak iaitu lebih kurang 10.62 kilometer (6.6 bt) ke bahagian timur laut dari Nanga Arau. Aliran air Sungai Arau Karupuk adalah menuju ke arah barat dahulu di peringkat hulu kemudian berkelok ke selatan untuk menghampiri penamat. Setibanya di penamat, Sungai Arau Karupuk akan membuat pertemuan dengan Sungai Arau dan terus mengalir ke Batang Mukah. Pertemuan dua sungai ini terletak di lebih kurang 6 km (3.7 bt) ke bahagian timur laut dari Nanga Arau.[1][2]

Sungai Arau Karupuk mengalir sepanjang kira-kira 10.5 kilometer (6.5 bt) dari punca ke muaranya di Sungai Arau. Punca bagi Sungai Arau Karupuk terletak di ketinggian di antara 480 dan 500 meter (1,574.8 dan 1,640.4 ka) dari atas paras laut manakala muara sungai bagi Sungai Arau Karupuk pula terletak di ketinggian di antara 130 dan 160 meter (426.5 dan 524.9 ka) dari atas paras laut.[1][2]